ふるさと納税と住宅ローン控除・医療費控除の併用で自己負担が2,000円を超えるケース

令和8年分の所得税・令和9年度の住民税（令和8年度税制改正を反映）で解説　最終更新：2026年10月6日

結論：控除上限額の範囲内で寄附しても、自己負担が2,000円で収まらない人がいます。主な原因は、所得税率と特例分の率のずれ、住宅ローン控除で所得税が0円になっていること、医療費控除や副業の確定申告でワンストップ特例が無効になること、収入の見込み違い、控除の上限の5つで、当てはまりやすいのは住宅ローン控除や医療費控除を受ける人、副業がある人、特定親族特別控除・配偶者特別控除・生命保険料控除などを受けている人です。

ふるさと納税は「控除上限額までなら自己負担は2,000円」と説明されます。これは多くの人には正しいのですが、上限額の範囲内で寄附したのに自己負担が数千円〜1万円以上になる人が一定数います。しかも本人はほとんど気づきません。住民税の決定通知書の「寄附金税額控除」の欄を細かく検算する人は少ないからです。この記事では、自己負担が2,000円を超える原因を仕組みから説明し、原因ごとの対策をまとめます。

控除の仕組みをおさらい

寄附額のうち2,000円を超える部分は、次の3つに分かれて税金から差し引かれます。

3つを足すと（寄附額−2,000円）×100％になり、これが「自己負担2,000円」の根拠です。ただしこの等式は、所得税分の「所得税率」と特例分の「所得税率」が同じで、かつ所得税分が実際に所得税から引ききれる場合にしか成り立ちません。自己負担が増えるのは、この前提が崩れたときです。

3つを併用したときの計算の順序

ふるさと納税・住宅ローン控除・医療費控除を同じ年に使うと、引く順序の違いで自己負担が変わります。所得税と翌年度の住民税で、次の順に計算します。

表から分かることは3つです。医療費控除は課税所得を下げるので、税率や所得割が下がって控除上限額そのものが下がります。住民税では住宅ローン控除が寄附金税額控除より先なので、所得割が小さく住宅ローン控除が大きい人は、ふるさと納税の控除が削られます。そして医療費控除も住宅ローン控除の初年度も確定申告が必要なので、ワンストップ特例は使えません。それぞれの理由と金額の例は、下の原因1〜3で説明します。

原因1：所得税率と特例分の率がずれている（人的控除差調整額に含まれない控除がある場合）

特例分の式に使う「所得税率」は、実は本人の所得税率そのものではありません。地方税法附則第7条の2により、住民税の課税総所得金額から「人的控除差調整額」を引いた金額を所得税の速算表に当てはめて決めます。住民税の課税所得は所得税より大きい（基礎控除が43万円と小さいなど）ため、その差を人的控除差調整額（基礎控除分は5万円）で埋めて、所得税の課税所得を推定する仕組みです。

令和7年度・令和8年度の税制改正で所得税の基礎控除は62〜104万円に引き上げられました（給与所得控除の最低保障額も65万円から74万円に）。一方で住民税の基礎控除は43万円のままなので、放っておくと「住民税の課税所得−人的控除差5万円」は所得税の課税所得より最大56万円大きくなり（基礎控除の差61万円から人的控除の差5万円を引いた額）、税率が1段階高く判定されてしまいます。

この問題には手当てがされています。令和7年度の地方税制改正で、判定額からさらに「所得税の基礎控除額−48万円」を差し引くことになり、令和8年度分の個人住民税から適用されています（総務省の事務連絡でも、基礎控除の引上げに伴う所要の措置として案内されています）。基礎控除の引上げ分はこれで打ち消されるため、控除が基礎控除・扶養控除・障害者控除などだけの人は、確定申告をしてもほとんどずれません。ただし判定額（住民税の課税総所得金額から人的控除差調整額と「所得税の基礎控除額−48万円」を引いた額）がちょうど0円になる人はずれます——割合表の1行目が「0円以上195万円以下＝5％相当」で、0円は5％帯に入るためです（給与209.6万円・社会保険料31.6万円で所得税率0％・特例分5％、1.5万円の寄附で確定申告の自己負担2,500円）。判定額が0円未満なら特例分は90％（率0％）で、この場合はずれません。年収500万円・独身の会社員なら、所得税の課税所得179万円に対して判定額も179万円で、どちらも税率5％です。

それでもずれが残るのは、人的控除差調整額が実際の控除額の差と一致しない控除がある場合です。

これらの差の合計だけ判定額が高く出ます。判定額が税率の境目（課税所得195万円・330万円・695万円など）をまたぐと、実際の所得税率より1段階高い率で特例分が計算され、その分の控除が減ります。年収735万円の会社員に大学生の子（合計所得70万円・特定親族特別控除の対象）がいる例で見てみます（社会保険料は協会けんぽ・東京都で概算）。

住民税の課税所得から引くのは、人的控除差5万円（基礎控除分）と、基礎控除の調整19万円（この人の所得税の基礎控除67万円−48万円）です。特定親族特別控除の実際の差18万円は引かれないため、判定額は所得税の課税所得より18万円高い330万2,000円になり、税率の境目330万円をわずかに超えて20％と判定されます。確定申告をすると、所得税からは10％で控除される一方、住民税の特例分は「90％−20％×1.021」で計算されるため、寄附額の約10％分が控除されずに残ります。上限額いっぱいに寄附すると自己負担は約12,200円です。

同じことは、配偶者特別控除を受けている人、生命保険料控除や地震保険料控除を満額使っている人にも起こります。ずれるかどうかは判定額が税率の境目をまたぐかどうかで決まるので、年収だけでは判断できません。

対策

この問題はワンストップ特例では起きません（以下同じ）。ワンストップ特例では所得税分の控除が行われず、代わりに「申告特例控除」として住民税から引かれるため、率のずれが打ち消されるからです。給与以外の所得が20万円以下で確定申告が不要なら、ワンストップ特例（寄附先5自治体以内）を使うほうが有利です。ただし所得税の確定申告が不要でも、給与・公的年金等以外の所得があれば住民税の申告が必要で、その申告をするとワンストップ特例は使えません（申告特例は所得税の確定申告も住民税の申告もしない人が対象です）。この場合は住民税の申告書か確定申告に寄附金控除を含めてください。ただし判定率（判定額＝住民税の課税総所得金額−人的控除差調整額−（所得税の基礎控除額−48万円）で決まる率。本人の実際の所得税率とは別物）が33％を超える方は逆になります。申告特例控除の割合は住民税の課税総所得金額900万円超の「56.307分の33.693」が最終行で、1,800万円超・4,000万円超も同じ行を使う一方、特例分の率は49.16％・44.055％と下がり続けるため、控除の合計が「寄附額−2,000円」に届きません（地方税法附則第7条の2第4項）。確定申告が必要な人は、寄附額に対して約「税率差×1.021」分の自己負担が上乗せされることを織り込んで、寄附額を決めることになります。

原因2：住宅ローン控除で所得税が0円になっている

所得税分の控除は「所得税から引く」ものなので、住宅ローン控除で所得税がすでに0円なら引くものがありません。ただし、これで即座に自己負担が増えるわけではない点に注意が必要です。所得税で引ききれなかった住宅ローン控除は住民税から引かれ、ふるさと納税で所得税がさらに減ると、その分だけ住民税側の住宅ローン控除が増えます。つまり、住民税側の上限に余裕があれば、所得税分の控除は形を変えて住民税から引かれ、自己負担はほぼ2,000円のままです。

住民税の税額控除は調整控除→配当控除→住宅借入金等特別税額控除→寄附金税額控除→外国税額控除→配当割額・株式等譲渡所得割額控除の順に引きます。住宅ローン控除が寄附金税額控除より先なので、所得割額が小さく住宅ローン控除が大きい人では、引ききれずに削られるのは寄附金税額控除のほうです。この場合はふるさと納税の控除が減り、自己負担が増えます。

この上限は入居した時期で変わります。

「所得税の基礎控除額−48万円」の加算は、令和8年度分の住民税から入ったものです。基礎控除の引上げで所得税の課税所得が下がると上限も下がってしまうため、令和7年12月までに入居した人についてはこの加算で埋め合わせています。令和8年1月以降に入居した人にはこの加算がありません。しかも住宅ローン控除の初年度は確定申告が必要でワンストップ特例を使えないため、令和8年に入居した人は影響を受けやすい立場にあります。

自己負担が増えるのは、住民税側の住宅ローン控除がすでに上限に達している人です。年収600万円・住宅ローン控除40万円の例では、確定申告で上限額（約77,000円）を寄附すると自己負担は約9,600円になります。年収500万円・住宅ローン控除20万円で58,000円（上限額の目安）を寄附した場合、令和4年〜令和7年入居なら約4,800円ですが、令和8年入居だと住民税側の控除限度額が89,800円にとどまり約7,600円になります。いずれもワンストップ特例なら約2,000円です。ただしワンストップ特例で2,000円に収まるのは、住宅ローン控除を引いた後の所得割に寄附金税額控除の分が残っていて、かつ非課税限度額の調整措置がかからない場合だけです（給与187万円・社会保険料6万円・16歳未満の子1人・新生命保険料8万円で1.5万円を寄附すると、調整措置で所得割の減りが打ち消され、ワンストップでも自己負担は14,300円になります）。住民税の税額控除は住宅ローン控除→寄附金税額控除の順に引くため、住宅ローン控除を引いた後の所得割が足りないと、ワンストップ特例に切り替えても引ききれません。残りがゼロの場合だけでなく、**わずかしか残らない場合も同じ**です（年収188万円・住宅ローン控除30万円で7％・136,500円の区分の場合、所得割40,300円のうち39,200円が住宅ローン控除で埋まり、残り1,100円しかないため、上限額10,955円の範囲内の10,000円を寄附しても自己負担は9,000円になります。同じ条件でも5％・97,500円の区分なら住宅ローン控除は28,000円にとどまるので、自己負担は約2,000円で収まります）。たとえば年収180万円・住宅ローン控除30万円（7％・136,500円の区分）では所得割34,000円が住宅ローン控除で全部埋まり、9,000円を寄附しても控除は0円、自己負担は9,000円になります。所得割が小さい人ほどこの形になりやすく、手続きの選び方では解決しません。

対策

住宅ローン控除の初年度は確定申告が必要なのでワンストップ特例は使えません。初年度は寄附額を控えめにするか、自己負担の増加を受け入れるかの判断になります。2年目以降は年末調整で住宅ローン控除を受けられるため、ワンストップ特例を使えば確定申告による上乗せは避けられます。ただしこれは給与所得者の話です。年末調整のない公的年金だけの受給者は、2年目以降も毎年確定申告で住宅ローン控除を受けることになるので、ワンストップ特例は使えません（国税庁 No.1230）。ただし住宅ローン控除を引いた後の住民税の所得割が寄附金税額控除に足りない場合（残りがゼロのときも、わずかしか残らないときも）は、ワンストップ特例にしても寄附金税額控除を引ききれないので自己負担は減りません（上の年収180万円の例）。手続きの選び方では解決しないので、寄附額そのものを抑える判断になります。

原因3：医療費控除や副業の確定申告でワンストップ特例が無効になる

ワンストップ特例の申請書を出した後に確定申告をすると、ワンストップ特例は無効になります。医療費控除を受ける、副業所得が20万円を超える、株式の損益通算をする、住宅ローン控除の初年度、といった理由で確定申告をする場合は、ふるさと納税の寄附金控除も確定申告に含める必要があります。含め忘れると、控除が丸ごと受けられません。また確定申告に切り替わることで、原因1・原因2の影響を受けるようになります。

医療費控除やiDeCoの掛金は課税所得を減らすため、上限額そのものも下がります。年末に医療費控除を受ける予定があるなら、上限額の計算にあらかじめ含めておく必要があります。

原因4：収入の見込みが外れた

上限額はその年（1〜12月）の所得で決まりますが、寄附は年内に行うため、上限額は見込みで計算するしかありません。残業の減少、休職、育休、退職、賞与の減額などで年収が下がると上限額も下がり、超えた分の大部分が自己負担になります。逆に年収が上がった場合も、上限額が増えるだけとは限りません。原因1で書いたとおり、確定申告をする人は特例分の率が所得税率より先に1段階上がることがあり、年収が1,000円増えただけで自己負担が数千円増えることがあります（大学生の子がいる年収734万円台の例では、年収が1,000円増えて特例分の率が10％から20％に上がり、同じ89,000円の寄附で自己負担が1,900円から10,900円になります。どちらも上限額の範囲内です）。ワンストップ特例ならこの段差は起きません。そのため、上限額ぎりぎりではなく、年末に年収が確定してから残りを寄附する運用がおすすめです。多くのポータルサイトは12月31日まで受け付けています。

原因5：控除の上限にかかっている

住民税の基本分は「総所得金額等の30％」、所得税分は「総所得金額等の40％」までの寄附額しか対象になりません。特例分の上限（所得割額の20％）より先にこれらの上限にかかることは通常ありませんが、分離課税の所得だけがある人や、所得に比べて所得割額が大きい人では起こり得ます。

自分が該当するか確認する方法

住民税の決定通知書（毎年6月ごろ）の「税額控除額」または「寄附金税額控除」の欄を見ます。確定申告をした人は、所得税の還付額と住民税の控除額の合計が「寄附額−2,000円」に近いかを確かめます。ワンストップ特例を使った人は、住民税の控除額だけで「寄附額−2,000円」に近いかを見ます。差が数百円なら端数処理（所得税・住民税とも100円未満切り捨て）の範囲ですが、数千円以上あれば上の原因のどれかに当たっています。

寄附する前に確認するには、上限額の式だけでなく、寄附の前後で所得税と住民税を実際に計算して差額を出す必要があります。Tekibaのシミュレーターはこの方法で自己負担額を表示し、ワンストップ特例と確定申告の両方で比較できます。

関連：ワンストップ特例と確定申告の違い

よくある質問

自己負担の2,000円は寄附先ごとにかかりますか？

かかりません。自己負担の2,000円は1回ごとの寄附について必要になるものではなく、1年間（1月〜12月）の寄附金の総額に対して必要になるものです（総務省 ふるさと納税ポータルサイト「よくある質問」Q3）。複数の自治体に寄附しても、控除の計算で差し引かれる2,000円は1回です。この記事で説明している「2,000円を超える」場合は、寄附先の数ではなく、税率のずれや住宅ローン控除などが原因です。

控除上限額を超えて寄附するとどうなりますか？

超えた分は控除されず、自己負担になります。住民税の特例分は住民税の所得割額の2割が上限で、計算した特例分が2割を超える場合は所得割額×20％で止まります。この場合、所得税からの控除と住民税の基本分・特例分を合計しても「寄附額−2,000円」の全額は控除されず、実質負担額は2,000円を超えます（総務省 ふるさと納税ポータルサイト「税金の控除について」）。上限額はその年の所得で決まるので、年収が見込みより下がった年も同じことが起こります。

医療費控除を受けるとワンストップ特例はどうなりますか？

医療費控除のために確定申告をすると、ワンストップ特例の申請は無効になります。国税庁は、医療費控除や雑損控除を受けるなどのために確定申告や個人住民税の申告をする人がふるさと納税の寄附金控除を受けるには、ふるさと納税の金額を寄附金控除額の計算に含めて確定申告をする必要があるとしています（タックスアンサー No.1155）。申請した分も含めて全部の寄附を書いてください。

住宅ローン控除の2年目からはワンストップ特例を使えますか？

給与所得者なら使えます。住宅ローン控除は最初の年分は確定申告が必要ですが、2年目以後の年分は年末調整で受けられるので（国税庁 タックスアンサー No.1211-1）、ほかに確定申告をする理由がなく寄附先が5団体以内なら、ワンストップ特例を使えます。年末調整のない公的年金だけの受給者は2年目以降も確定申告で住宅ローン控除を受けるので、ワンストップ特例は使えません。なお、住宅ローン控除を引いた後の住民税の所得割が足りない場合は、ワンストップ特例にしても自己負担は減りません（上の原因2）。

まとめ

• 「上限額までなら自己負担2,000円」は条件付き。自己負担が2,000円で収まるかどうかは、①所得税率と特例分の率が一致するか、②所得税側で寄附金控除が実際に効くか（住宅ローン控除などで所得税が0円だと効かない）、③住民税の所得割に寄附金税額控除を引く余裕があるか、④非課税限度額の調整措置がかかるか、⑤ワンストップ特例のとき申告特例控除の割合が頭打ち（33.693／56.307）になっていないか、⑥寄附で課税所得が税率の段をまたぐか、⑦100円未満の端数処理の組み合わせで決まります。どれか1つで断定はできないので、シミュレーターで両方式の自己負担額を確認してください。
• 基礎控除の引上げによる税率のずれは、判定額から「所得税の基礎控除額−48万円」を引く調整（令和8年度分の住民税から）で解消済み。それでも特定親族特別控除・配偶者特別控除・生命保険料控除・地震保険料控除がある人は、人的控除差調整額が実際の差と一致しないためずれが残る。ワンストップ特例なら影響なし。
• 住宅ローン控除で所得税が0円でも、住民税側の住宅ローン控除に余裕があれば自己負担はほぼ変わらない。上限（97,500円など）に達している人は増える。令和8年1月以降の入居には基礎控除分の加算がないため、上限に達しやすい。
• 医療費控除・副業20万円超などで確定申告をするとワンストップ特例は無効。寄附金控除を申告に含め、上限額も控除込みで計算し直す。
• 年収が確定する前に上限いっぱい寄附しない。年末に残りを寄附すると上限を超えにくい。

本記事は一般的な制度の解説であり、個別の税務相談は税理士または所轄の税務署・市区町村へお問い合わせください。根拠：総務省「ふるさと納税のしくみ（税金の控除について）」・ふるさと納税ポータルサイト「よくある質問」（Q3 自己負担2,000円は1年間の寄附金総額に対して）、国税庁タックスアンサー No.1211-1（住宅借入金等特別控除。給与所得者は2年目以後の年分を年末調整で適用）、地方税法附則第7条の2・附則第5条の4の2、税額控除の適用順序は石井町「税額控除について」の順序表、国税庁タックスアンサー No.1155、「令和8年度税制改正の大綱」（令和7年12月26日閣議決定）、国税庁「令和8年4月 源泉所得税の改正のあらまし」、総務省 令和8年1月21日事務連絡「地方税法等の一部を改正する法律案」、ニッセイ基礎研究所「税制改正でふるさと納税額はどうなる？」。